그동안 국회 등으로부터 여러차례에 걸쳐 공익근무요원 복무관리 개선을 위하여 보다 근본적이고 적극적인 관리대책의 마련이 필요하다는 의견이 제시되었으며, ’06~’07년도 사회복무제도 도입 추진과정에서 복무관리 개선이 주요 정책과제로 논의되기 시작하면서 본격적으로 추진되었다. 병무청에서 추진하고 있는 복무관리 개선의 주요내용은 크게 두 가지이다. 먼저, 지방병무청장에게 복무관리 감독권한을 부여하여 복무자와 복무기관에 대한 관리감독을 강화하는 것이고, 다른 하나는 교육을 통하여 병역의무자로서 책임의식을 강화하고 직무수행 역량을 높임으로써 성실복무이행을 확보한다는 것이다.

가. 사회복무감독관 배치, 현장 복무관리 강화
이에 따라 ’07.5월에는 의원입법을 통하여 병역법을 개정하고 지방병무청장에게 공익근무요원에 대한 복무관리감독 권한을 부여하고, 권역별로 복무관리센터를 설치하고, 67명의 사회복무감독관을 배치하여 복무관리를 전담하도록 하고 있다. 복무관리센터는 지방청별로 원거리지역(울산, 안동, 인천, 목포, 홍성)에 5개소, 지방병무청 소재지에 14개소를 설치하는 등 총 19개를 운영하고 있다. 사회복무감독관 운영은 1인당 관리인원을 고려하여 권역별로 활동하도록 하고 있으며, 공익근무요원에 대한 근무실태 감독·고충상담·복무지도·민원안내 등 현장관리 복무관리 활동과 복무기관의 복무관리 활동에 대한 실태조사 및 평 가업무를 수행하고 있다.

나. 직무배치 전 교육 실시
공익근무요원 교육을 위하여 서울지방병무청 등 광역시 관할 6개 지방병무청 소재지에 전문교육장을 설치하고 기초군사훈련후 근무지에 배치하기 전‘소양교육’과‘직무교육’을 실시하고 있으며, 병역의무자로서의 책임의식과 자세를 확립하고 직무현장 적응능력을 배양하는데 중점을 두고 있다. 교육기간은 소양교육이 1주, 직무교육은 복무분야에 따라 1~2주를 실시하고 있으며, ’08년도에 소양교육 16,150명, 직무교육 4,675명을 실시하였다. 아울러 복무 중 복무규율 위반자에 대하여는 의식전환 및 정신개혁을 통한 복무기강 확립을 위하여 ’08년부터 가나안 농군학교, 해병사관학교 및 음성꽃동네 교육시설에서 연중 보수교육을 실시(’08년도 1,048명)하고 있다.

다. 복무관리 업무 정보화
효율적이고 체계적인 복무관리를 위하여 ’08년도에 사회복무시스템을 구축하여 ’09년 1월부터 운영하고 있다. 새로 구축된 시스템은 공익근무요원 소집계획 수립, 인력배정, 교육, 급여·피복 지급, 신상이동 등 관리업무 전반을 정보화하고 인터넷을 통하여 실시간으로 처리할 수 있도록 하였으며, 공익근무요원 복무부실 발생을 미리 예방하기 위해서 과거 복무위반자 현황을 분석(학력, 인성검사 결과, 근태상황, 수형사실 등 총 47개 위험요소)하여, 복무이탈모형을 구축하고, 복무부실 우려자를 사전에 발견하여 이들에 대하여는 감독관이 1:1 중점 지도·관리하도록 하는 등 보다 효율적인 복무관리 수행기반을 마련하였다.