국민이면 누구나 병역을 이행하여야 하는 국민개병제 국가에서 현역을 충원하고 남는 병역자원을 어떻게 활용할 것인가의 문제 는 공평한 병역의무 부과라는 측면에서 매우 중요한 과제이다. 아울러 엄정한 복무관리를 통하여 공익근무요원 등 대체복무자 의 성실한 의무이행을 확보함으로써 현역복무자와의 형평성을 유지하고 병역기강을 확립하는 것은 징병제를 건강하게 유지하 기 위한 전제가 된다고 하겠다.

복무관리의 근본적인 문제는 공익근무요원이 현역병 입영자(신체등위 1~3급)에 비하여 신체조건이 낮아(신체등위 4급) 인력활용이 제한적이라는 점이며, 지원이나 상호계약에 의하여 복무하게 되는 산업기능요원이나 전문연구요원, 공중보건의사 등 여타 대체복무에 비하여 전문성이나 자질이 떨어진다는 점이다. 아울러 민간인 신분으로서 자가에서 출퇴근 복무를 하게 되므로 일과 후 실질적인 통제가 불가능하여 복무관리의 어려움이 많을 뿐만아니라 이러한 문제로 인하여 일부이긴 하지만 근무태만 등 복무부실이 지속적으로 발생하고, 퇴근 후 허가없이 아르바이트를 하는 등 겸직활동을 함으로써 다음 날 정상적인 직무수행에 지장을 초래하거나, 부족한 용돈을 벌기 위해서 일반범죄에 쉽게 노출되어 각종 사건사고에 연루되는 등 복무위반 사례가 자주 일어나고 있는 실정이다.

공익근무요원을 직접 활용하는 복무기관 측면에서의 문제점은 전반적으로 복무기관장이나 복무기관 담당자의 복무관리·감독에 대한 인식이 미흡하다는 점이다. 배치된 공익근무요원을 잘교육시키고 적절히 활용하고 이들이 제대로 복무를 하고 있는지 여부를 수시로 점검하고, 고충상담·복무지도 등을 통하여 정상적인 직무수행이 가능하도록 관리하고 지원하는 노력이 부족한 것이 현실이다. 일부 복무기관에서는 공익근무요원의 무단결근 등 불성실 근무를 묵인하거나 방치하는 등 복무관리를 소홀히 함으로써 복무기강이 해이해지고, 복무위반이나 불법사례가 지속적으로 발생하고 있다.

아울러 병무청은 병역자원관리를 총괄하는 기능을 수행하고 있음에도 복무관리·감독을 위한 법적 근거가 미비하고, 관리에 따른 인력이 부족하여 공익근무요원과 복무기관에 대하여 적절한 통제와 관리기능을 수행해 오지 못하였다. 이는 그동안 예산과 인력의 부족으로 부득이한 측면도 있었지만, 한편으론 병무청이 복무배치 후에도 지속적인 자원관리를 통하여 복무부실을 예방하기 위한 적극적인 관심과 노력을 기울이지 못했던 점도 있다고 본다.