60년대 이후 지속적인 산아제한정책의 결과로 병역자원은 지속적으로 감소하고 있으며 대체복무에 지원될 병역자원 역시 대폭 감소될 예정이다. 따라서 이에 대한 대책이 필요하며 지정업체에 대한 정책 또한 재검토되어야 할 시점이다. 향후 산업기능요원을 채용하는 지정업체에 대한 관리방안으로 다음과 같은 대책을 추진할 예정이다.

첫째, 지정업체에 대한 선정요건의 강화이다.
산업기능요원을 채용하고 관리하는 지정업체는 지난 해 기준 5인 이상의 종업원을 둔 기간산업체(공업분야)를 지정업체로 선정하던 것을 30인 이상으로 대폭 강화하고, 선정방식을 회사규모와 업체실적 등을 감안 A∼D 등급으로 구분하여 우수업체가 우선 선정될 수 있도록 하였다.

둘째, 산업기능요원(전문연구요원)의 복무관리 부실 업체와 업체장에 대한 처벌기준의 강화이다.
병무청의 한정된 인력으로 전국에 산재되어 있는 16,000여 개의 지정업체를 철저히 단속하고 지도하는 것은 불가능한 일이다. 따라서 지정업체 스스로 자율적인 복무관리규정의 준수를 유도하고 우수한 지정업체에 대한 인센티브를 주는 방안을 강구하되 위반업체에 대하여는 엄격히 처벌함으로써 위법·탈법사례를 사전에 예방하도록 하겠다. 이를 위해서 법령상의 처벌기준을 대폭 강화할 예정이다

셋째, 실태조사의 내실화를 통한 복무관리의 강화이다.
지정업체 선정 이전에 표본조사를 통하여 부실업체 등을 사전 배제하고, 선정된 이후에는 주기적인 실태조사 이외에 불시 점검을 통하여 복무관리에 철저를 기하도록 할 것이다. 또한, 실태조사 실적이 우수한 직원에 대하여는 포상을 실시, 사기를 높이고 긍지를 가질 수 있도록 할 예정이다.

넷째, 유관기관과의 합동 실태조사 실시이다.
후계 농업인에 대한 농림부 차원의 연 2회 현지 실태조사 업무와 복무감독 기능은 시·군 농정과로 이관하는 방안을 심층 검토하고 있으며, 어업인 후계자에 대하여 시·군 수산기술관리소와 합동 실태조사를 실시할 계획이다. 또, 노동부, 과기부, 중기청 등 유관기관과 합동 실태조사를 실시할 수 있도록 하여 명실공히 대체복무자로서의 소임을 다하도록 복무관리를 강화할 것이다.

다섯째, 지속적인 제도개선이다.
지정업체장의 직계비속이 종사하는 업체에 대한 특별관리를 강화하고 현재 예규로 되어있는 직계비속에 대한 편입제한을 법령화할 것이며, 위·탈법 사례에 대한 국민신고제를 활성화하기 위해 포상제도를 도입하는 등 적극적인 자세로 제도개선을 추진할 것이다.