둘째, 중앙신체검사소 업무에 대한 자체 전산화 프로그램을 개발 운용함으로써 행정의 투명성과 업무 능률을 제고하고 착오 처리된 부분을 사전에 체크할 수 있도록 하고 있다.

셋째, 토탈 민원처리 시스템을 실시하고 있다. 수검자 접수에서부터 수검 안내, 대기 시간 음료제공, 와이드비젼을 통한 영상 홍보물 제공, 귀가 교통편 안내까지를 책임지고 최고의 서비스를 제공하고있다. 이를 위해 민원인별 담당 직원을 매일 매일 임명하는 민원응대실명제를 실시, 민원인의 후견 역할을 수행함으로써 민원 불편을 최소화하고 있다.

넷째, 병역판정 이심제 실시에 따른 민원 불편을 해소하기 위한 제반 조치를 강구 시행하고 있다. 즉 신체검사 과정을 완전 공개, 오해와 불신을 제거하고 판정 불만자에 대하여는 이해와 설득을 통해 민원 불만을 최소화하고 있다. 철저한 예약제를 실시 대기 시간을 최소화하여 지방 수검자의 편의를 도모하고 해당 수검자의 수검 순서를 알리는 호출벨 시스템을 설치, 질서 정연한 신체검사가 이루어지도록 하고 있다.

다섯째, 이런 제반 시설과 장비를 보호하기 위해 세콤과의 계약에 의한 방범시스템을 운영 하는 등 청사 방호에 만전을 기하고 CCTV를 24시간 녹화, 시설 및 장비 보호에 최선을 다하고 있다. 또한 대학병원 등에 장비 운용자의 부단한 연수를 실시, 장비운영능력을 제고하여 신체검사에 철저를 기하고 있다.

중앙신체검사소의 가장 큰 특징은 지방청과 달리 검사 과목을 세분화하여 징병전담의사를 배치하고 있으며, 최첨단 의료장비에 의한 임상적 검사에 의한 신체검사 결과 지방청의 최초 판정과 다른 판정 결과가 나올 수 있다는 사실이다. 물론 지방청에서도 수검 당일 의무자 질병 상태와 지참 자료를 정밀 분석 정확히 판정한 것임에는 틀림 없으나 의료장비 등의 부족으로 판정에 한계가 있을 것으로 본다.
이밖에 상이 판정자가 나오는 이유를 분석해보면 다음과 같다.
첫째, 외과분야의 경우 MRI 등을 이용 질병 상태를 재 확인후 판정하고 지방청과 달리 일반·흉부외과, 정형·성형외과, 신경외과 등으로 세분화 되어 각 과목별 징병전담검사를 실시 하기 때문이다.

둘째, 내과의 경우, 순환기와 호흡기 내과 2명이 배치되어 판정시 의견 교환을 통해 합의 판정을 실시하고 간염과 사구체신염, 빈혈, 백혈병 등의 환자에 대하여 해부병리과 징병전담의사가 조직검사 슬라이드를 직접 판독하고, 심장병 환자의 경우 내과 징병전담의사가 심장초음파 검사를 직접 실시하며, 고혈압 환자는 24시간 혈압 검사를 실시해 그 결과를 신체등위 판정에 반영하기 때문인 것으로 분석된다.

셋째, 피부과와 비뇨기과 신경과와 정신과의 경우처럼 지방청에서 징병전담의사 한 사람이 담당하는 분야를 전공 과목별로 세분화하여 정밀검사를 실시하는 데서 오는 결과이기도 하다.

넷째, 자체 병리검사 결과를 판정에 참조하는 것인데, 안과의 시유발검사, 이비인후과의 청력검사, 신경과의 신경근전도검사, 내과의 폐기능 검사 등이 그것이다.
이밖에도 지방청의 최초 수검과는 달리 중앙신체검사소에서는 지방청에서 사전에 송부한 자료를 면밀히 검토하여 필요한 서류를 추가 보완하고 관련 질환에 대한 정보를 사전에 확보하여 전문지식과 임상경험에 의거 판정하며, 또한 전담의사의 역할이 보다 세분화되고 강화된데서 오는 결과이기도 하다.