특례보충역을 전문연구요원과 산업기능요원으로 (1993.12.31)
그동안 사용해 왔던 특례보충역이라는 용어가 자칫 병역특혜라는 인식을 불러올 수 있다는 지적에 따라 이를 폐지하고 연구요원을 [전문연구요원]으로 기능요원을 [산업기능요원]으로 그 명칭을 변경하였다.

중소기업체 인력지원을 위한 보충역편입자격 완화 (1997.12.31)
당시 정부에서는 어려움에 처해있는 국가경제의 활로를 모색하기 위해 벤처기업 등 신기술 지식집약형 기업을 특별히 집중 육성하게 된다.

이와 함께 국가기간산업체 및 중소기업체의 인력난 해소를 위하여 산업기능요원 편입자격을 완화하게 되는데, 이에 따라 보충역의 경우 일정한 자격이나 면허 없이도 산업기능요원 편입이 가능하도록 하고, 보충역 대상 산업기능요원에 대해서는 복무기간을 36개월에서 28개월로 단축하였다.

전문연구요원의 복무기간 단축(2003.9.3)
군복무기간의 단축은 노무현대통령의 중요 선거공약 중 하나였다. 이에 따라 현재의 전력수준을 유지하는 범위 안에서 현역병 및 공익근무요원의 복무기간과 산업기능요원의 의무종사기간을 2개월 단축하고 전문연구요원의 의무종사기간을 1년 단축하는 등 복무기간 등의 관련규정을 조정하는 내용의 법개정을 하게된다.
특히 사회가 복잡해지고 학문의 영역이 넓어짐 따라 새로운 형태의 학위취득과정이 생기게 되는데, 그 중 하나가 석사 및 박사학위 과정이 통합된 과정의 출현이 그것이다.
이 경우 지금까지는 전문연구요원 편입에서 제외되어왔으나, 통합과정의 학위취득자들도 일반 석사학위 취득자의 경우와 같이 전문연구요원으로 편입할 수 있도록 조정하였다.

한편, 이즈음 징병검사의 완전 전산화 등으로 병역비리가 원천 차단되고 다른 방법으로 병역을 피해가기가 어려워지자, 지정업체 대표의 아들이나 친척 등을 취업케 하는 방법으로 병역특혜를 조장함으로써 대체복무제도를 악용한다는 사건이 발생 또 다른 사회문제가 되었다.

이에 병무청에서는 이런 사례를 근절하기 위하여 지정업체의 대표이사와 4촌 이내의 혈족관계에 있는 사람은 지정업체에 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 편입하거나 전직할 수 없도록 병역법을 개선 보완하였다.

전문연구요원 복무기간 추가 단축(04.12.31)
산업구조의 변화, 즉 우리나라가 서비스산업위주로 변화함에 따라 이공계 출신이 설 자리가 줄어들고, 이는 이공계를 기피하려는 현상으로 이어져 급기야 정부에서는 이공계를 살리기 위한 여러 가지 정책들을 마련하기에 이른다.
이에 부응해 병무청에서도 우수한 연구개발인력의 전문연구요원 편입을 확대하기 위하여 전문연구요원의 복무기간을 현행 4년에서 3년으로 단축하는 등의 방향으로 제도를 개선하게된다.

맺음말
전문연구요원 및 산업기능요원제도는 1973년 특례보충역에서 출발, 35년 여간 수많은 변천과정을 거치면서 41만 여명의 병역자원을 국가산업발전에 지원하여 국가경쟁력 제고에 기여해왔다.

그러나 계속되는 병역자원의 감소로 전문연구요원 및 산업기능요원의 확보에 어려움을 겪고 있다.

산업기능요원과 전문연구요원을 중소기업의 핵심산업인력과 유용한 연구개발인력으로 지속적으로 지원, 우리나라 경제발전에 기여하면서도 병역자원의 수급에 차질이 없도록 하는 것, 이 두 마리 토끼를 잡기 위한 고민과 노력이 지금 우리 행정의 과제로 남겨져 있다.